Kejaksaan Negeri Penajam Paser Utara secara geografis berada di wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara, Provinsi Kalimantan Timur, tepatnya terletak di Jalan Provinsi Km. 09, Kelurahan Nipah-Nipah, Kecamatan Penajam, Kabupaten Penajam Paser Utara, Kalimantan Timur.

Kabupaten Penajam Paser Utara sendiri berada pada 0°48’–1°36’ Lintang Selatan dan 116°19’–117°19’ Bujur Timur. Sebagian besar wilayahnya merupakan dataran rendah dan perbukitan dengan ketinggian berkisar antara 0–500 meter di atas permukaan laut. Wilayah ini juga memiliki kawasan pesisir yang berbatasan langsung dengan Teluk Balikpapan serta daerah hutan tropis yang cukup luas.

Batas-batas wilayah Kabupaten Penajam Paser Utara adalah sebagai berikut.

    Batas Utara    : Kabupaten Kutai Kartanegara
    Batas Selatan : Kabupaten Paser
    Batas Timur   : Kota Balikpapan dan Selat Makassar
    Batas Barat    : Kabupaten Kutai Barat dan Kabupaten Paser